פרופ' משה חלמיש שימש כראש המחלקה לפילוסופיה אוניברסיטת בר-אילן ועורך ראשי של 'דעת' – כתב עת לפילוסופיה יהודית וקבלה, הפקולטה למדעי היהדות, אוניברסיטת בר-אילן. 
מחקריו האקדמיים עסקו בעיקר בשני נושאים שכמעט לא נדונו בספרות המחקר. הנושא הראשון עסק בקבלה בארצות המזרח, שבמסגרתו גם ההדיר חיבורים שונים מתוך כתבי-יד מתימן ומצפון אפריקה. הנושא השני, שהפך לעיקר הפעילות, הוא האינטראקציה בין עולם התפילה, ההלכה והמנהג, מצד אחד, לבין עולם הקבלה, מצד שני. בכך תרם גם לראייה נכונה יותר של פני התרבות היהודית בעת החדשה. חיבוריו של פרופ' חלמיש בתחום זה הם: הקבלה בתפילה, בהלכה ובמנהג (תש"ס. מהדורה שלישית בשנת תשע"א. 686 עמ'); הנהגות קבליות בשבת (תשס"ו. 556 עמ'); חקרי קבלה ותפילה (תשע"ב. 458 עמ'); הריטואל הקבלי – שילוב של הגות ומעש (תשע"ז. 392 עמ'). לצד אלה נתפרסמו מאמרים נוספים בתחום. מבין חיבוריו האחרים המתפרסים על פני כמה נושאים נמנה את: קטלוג של כתבי-היד הקבליים בספריית להמן בניו-יורק, אהל חיים (תשמ"ח. 352 עמ'); מבוא לקבלה (תשנ"ב/1991. 308 עמ'). הופיע בתרגום לאנגלית ב- 1998. 390 עמ'. פרופ' שרל מופסיק החל לתרגמו לצרפתית, אך נקטף בחתף; פירוש לספר התניא, נתיב לתניא (תשמ"ח. 336 עמ'. מהדורה שנייה בתשס"ה). כן ערך, והשתתף בעריכה של, חיבורים מדעיים רבים.